Pagongan sepasang bangunan yang terletak di utara dan selatan halaman Masjid Gedhe, tempat untuk meletakkan seperangkat gamelan pada saat acara Sekaten.
Regol Masjid atau disebut Gapura, dibangun pada 1840 berasal dari kata ”ghofuron” yang berarti ampunan dari dosa. Pembangunan regol ini dilakukan pada hari Senin, tanggal 23 Syuro tahun Dal, sengkalan ”PANDITO NENEM SEBDO TUNGGAL”= 1767Jw.=1255 H = 1867 M.
Pajagan ( Pa= tempat, Jaga = berjaga keamanan ), atau Balemangu yang terletak di kanan kiri regol masjid, dibangun pada tahun 1917 ,digunakan untuk para Prajurit Kraton untuk menjaga keamanan masjid dan setiap hari besar Islam. Pada zaman Revolusi Perjuangan mempertahankan Kemerdekaan Republik Indonesia, gedung Pajagan ini digunakan untuk pusat MARKAS ULAMA ASYKAR PERANG SABIL (MU-APS)yang membantu TNI melawan Agresi Belanda.
Dalem Pengulon yaitu tempat tinggal Pejabat Penghulu Keraton dan keluarga Sultan serta kantor pengelola masjid. Abdi dalem pengulon inilah yang membawahi para abdi dalem bidang keagamaan lainnya, seperti abdi dalem pamethakan, suronoto, modin. Disekitar masjid juga dibangun fasilitas bagi para pengurus masjid, ulama dan khatib serta para abdi dalem yang diberi nama Kauman yang berarti “tempat para kaum”. Sedangkan di sebelah barat masjid terdapat beberapa makam yang diantaranya adalah makam Nyai Ahmad Dahlan.,